Fino al 31 dicembre 2012 l’Autorità è finanziata:

• con uno stanziamento annuale in un apposito capitolo dello stato di previsione del Ministero dello Sviluppo Economico. Per il 2011 esso ammonta a 16,836 milioni di euro.
• parziale autofinanziamento, commisurato alla copertura dei costi relativi al controllo delle operazioni di concentrazione (articolo 10, comma 7-bis, della legge 287/90). Le contribuzioni sono determinate annualmente dall’Autorità.
• sanzioni irrogate in materia di pratiche commerciali scorrette
• la legge finanziaria 2010 ha, infine, previsto per il triennio 2010-2012 un contributo da parte di altre autorità: tale contributo ammonta per il 2011 a 24,2 milioni di euro.

Dal 1° gennaio 2013 tali forme di finanziamento sono sostituite da un contributo da parte delle società di capitale con ricavi totali superiori a 50 milioni di euro, pari allo 0,08 per mille del fatturato risultante dall'ultimo bilancio, con una soglia massima pari a cento volte la misura minima.L'Autorità può apportare con propria deliberazione modifiche a tale misura, limitatamente allo 0,5 per mille del fatturato delle società, ferma restando la proporzione definita per la soglia massima di contribuzione. L’Autorità determinerà con propria deliberazione le modalità di versamento di tale contributo.

L’Autorità provvede autonomamente, nei limiti di questi fondi, alla gestione delle spese per il proprio funzionamento.

Il consuntivo della gestione finanziaria, approvato dall'Autorità entro il 30 aprile di ogni anno, è assoggettato al controllo della Corte dei Conti.