L'esigenza di un comportamento particolarmente rigoroso, avvertita fin dalla sua costituzione, ha condotto l'Autorità all'approvazione, nell'agosto 1995, di un codice etico a cui devono attenersi tutti gli appartenenti ad essa.
Questo codice è parte integrante del contratto che regola il rapporto con i dipendenti e fornisce direttive in merito al corretto svolgimento dei compiti affidati e ai rapporti con il pubblico. Riguardo al primo aspetto, costituiscono requisiti indispensabili l'imparzialità, la riservatezza, la correttezza nei rapporti con soggetti interessati a qualunque titolo all'attività svolta dall'Autorità. Il codice non afferma solo principi generali, ma fornisce anche disposizioni pratiche su tutta una serie di questioni: dal conflitto di interessi ("il dipendente si astiene dal partecipare all'adozione di decisioni o ad attività dell'Autorità che possano coinvolgere, direttamente o indirettamente, interessi finanziari o non finanziari propri o di parenti entro il quarto grado o conviventi") all'invio di regali ("il dipendente non accetta, neanche in occasione di festività, per sé o per altri, regali o altre utilità aventi valore economico da soggetti in qualsiasi modo interessati dall'attività dell'Autorità, ad eccezione di regali d'uso di modico valore").

L'Autorità, nella seduta del 12 settembre 2012, ha nominato Garante del Codice etico il Presidente Emerito della Corte Costituzionale Cesare Mirabelli, per la durata di sette anni.